Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC17.64■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.42
SPTA1P02549 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SPTA1P02549 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
SPTA1P02549 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms