Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
DDX28Q9NUL7 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
DDX28Q9NUL7 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
DDX28Q9NUL7 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
DDX28Q9NUL7 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms