Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
ZNF541Q9H0D2 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
ZNF541Q9H0D2 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC31.56■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC31.56■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC31.56■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC31.56■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC31.56■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC31.55■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC31.55■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC31.54■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC31.51■■■□□ 2.64
ZNF541Q9H0D2 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.51■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC31.5■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.47■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC31.45■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.63
ZNF541Q9H0D2 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC31.41■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC31.4■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.4■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC31.4■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC31.4■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
ZNF541Q9H0D2 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC31.37■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC31.34■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC31.34■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC31.34■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC31.34■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
ZNF541Q9H0D2 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.32■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.31■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC31.31■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC31.31■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC31.31■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC31.27■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC31.26■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.6
ZNF541Q9H0D2 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC31.26■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.24■■■□□ 2.59
ZNF541Q9H0D2 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC31.24■■■□□ 2.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.3 ms