Protein–RNA interactions for Protein: Q99742

NPAS1, Neuronal PAS domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 590 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPAS1Q99742 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
NPAS1Q99742 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
NPAS1Q99742 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
NPAS1Q99742 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NPAS1Q99742 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms