Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VMP1Q96GC9 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VMP1Q96GC9 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VMP1Q96GC9 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VMP1Q96GC9 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms