Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
USP53Q70EK8 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
USP53Q70EK8 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP53Q70EK8 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP53Q70EK8 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.7 ms