Protein–RNA interactions for Protein: P62857

RPS28, 40S ribosomal protein S28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 69 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPS28P62857 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPS28P62857 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPS28P62857 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
RPS28P62857 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPS28P62857 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPS28P62857 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPS28P62857 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPS28P62857 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPS28P62857 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
RPS28P62857 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPS28P62857 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPS28P62857 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPS28P62857 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
RPS28P62857 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPS28P62857 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPS28P62857 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPS28P62857 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPS28P62857 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPS28P62857 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
RPS28P62857 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPS28P62857 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPS28P62857 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPS28P62857 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPS28P62857 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
RPS28P62857 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPS28P62857 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
RPS28P62857 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPS28P62857 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPS28P62857 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPS28P62857 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPS28P62857 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPS28P62857 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
RPS28P62857 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPS28P62857 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPS28P62857 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPS28P62857 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
RPS28P62857 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPS28P62857 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPS28P62857 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPS28P62857 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPS28P62857 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
RPS28P62857 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
RPS28P62857 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPS28P62857 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPS28P62857 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
RPS28P62857 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
RPS28P62857 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
RPS28P62857 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPS28P62857 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPS28P62857 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
RPS28P62857 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
RPS28P62857 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
RPS28P62857 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPS28P62857 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPS28P62857 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPS28P62857 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPS28P62857 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
RPS28P62857 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPS28P62857 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPS28P62857 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPS28P62857 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
RPS28P62857 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPS28P62857 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPS28P62857 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPS28P62857 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPS28P62857 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
RPS28P62857 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPS28P62857 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
RPS28P62857 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPS28P62857 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPS28P62857 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPS28P62857 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
RPS28P62857 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPS28P62857 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPS28P62857 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPS28P62857 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPS28P62857 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
RPS28P62857 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPS28P62857 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
RPS28P62857 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms