Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.8■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
HDAC4P56524 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
HDAC4P56524 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
HDAC4P56524 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HDAC4P56524 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HDAC4P56524 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HDAC4P56524 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HDAC4P56524 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
HDAC4P56524 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
HDAC4P56524 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms