Protein–RNA interactions for Protein: P35625

TIMP3, Metalloproteinase inhibitor 3, humanhuman

Predictions only

Length 211 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TIMP3P35625 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
TIMP3P35625 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
TIMP3P35625 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TIMP3P35625 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TIMP3P35625 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.4 ms