Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
BRPF3Q9ULD4 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
BRPF3Q9ULD4 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms