Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
KLHL28Q9NXS3 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
KLHL28Q9NXS3 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms