Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0E7

USP44, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 44, humanhuman

Predictions only

Length 712 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP44Q9H0E7 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 NME1-207ENST00000480143 964 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
USP44Q9H0E7 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 AC073195.1-201ENST00000607241 877 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 EARS2-206ENST00000563232 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP44Q9H0E7 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms