Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 CHTOP-204ENST00000368694 2096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 GMPPA-213ENST00000622191 1473 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HERPUD2Q9BSE4 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HERPUD2Q9BSE4 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms