Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD4P09016 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms