Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC39Q9UFE4 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 SNAP91-211ENST00000520213 2168 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC39Q9UFE4 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.6 ms