Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 MAPKAP1-205ENST00000373503 3045 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TBC1D4-202ENST00000377636 6364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.3 ms