Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA4Q00056 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms