Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC87Q9NVE4 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC87Q9NVE4 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms