Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
HOXA1P49639 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms