Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 ADGRD1-AS1-202ENST00000542980 1277 ntTSL 4 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN4AP35499 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN4AP35499 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms