Protein–RNA interactions for Protein: P28288

ABCD3, ATP-binding cassette sub-family D member 3, humanhuman

Predictions only

Length 659 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ABCD3P28288 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
ABCD3P28288 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms