Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL5A3P25940 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 PYCR1-204ENST00000403172 1811 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 AC011298.2-201ENST00000617989 482 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL5A3P25940 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms