Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
COL4A4P53420 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms