Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 SERF2-207ENST00000409614 582 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LHX3Q9UBR4 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms