Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRERF1Q96PN7 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AC012618.2-201ENST00000428058 849 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRERF1Q96PN7 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms