Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
USP4Q13107 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP4Q13107 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
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USP4Q13107 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP4Q13107 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
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USP4Q13107 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
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USP4Q13107 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
USP4Q13107 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
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USP4Q13107 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
USP4Q13107 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
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USP4Q13107 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 LMAN1L-201ENST00000309664 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP4Q13107 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP4Q13107 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
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