Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6K1

DNMT3A, DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 912 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DNMT3AQ9Y6K1 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
DNMT3AQ9Y6K1 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
DNMT3AQ9Y6K1 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DNMT3AQ9Y6K1 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DNMT3AQ9Y6K1 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DNMT3AQ9Y6K1 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DNMT3AQ9Y6K1 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DNMT3AQ9Y6K1 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DNMT3AQ9Y6K1 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
DNMT3AQ9Y6K1 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
DNMT3AQ9Y6K1 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
DNMT3AQ9Y6K1 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
DNMT3AQ9Y6K1 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.39■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
DNMT3AQ9Y6K1 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.32■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
DNMT3AQ9Y6K1 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 106.7 ms