Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
CCDC9Q9Y3X0 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC35.23■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC35.2■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC35.2■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC35.2■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC35.2■■■■□ 3.23
CCDC9Q9Y3X0 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC35.19■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC35.14■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC35.14■■■■□ 3.22
CCDC9Q9Y3X0 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
CCDC9Q9Y3X0 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.12■■■■□ 3.21
CCDC9Q9Y3X0 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC35.12■■■■□ 3.21
CCDC9Q9Y3X0 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
CCDC9Q9Y3X0 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC35.1■■■■□ 3.21
CCDC9Q9Y3X0 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.1■■■■□ 3.21
CCDC9Q9Y3X0 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC35.09■■■■□ 3.21
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.09■■■■□ 3.21
CCDC9Q9Y3X0 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC35.08■■■■□ 3.21
CCDC9Q9Y3X0 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC35.07■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC35.05■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC35.05■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC35.03■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC35.03■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.02■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC35.02■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC35.01■■■■□ 3.2
CCDC9Q9Y3X0 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
CCDC9Q9Y3X0 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
CCDC9Q9Y3X0 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
CCDC9Q9Y3X0 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC34.97■■■■□ 3.19
CCDC9Q9Y3X0 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC34.96■■■■□ 3.19
CCDC9Q9Y3X0 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC34.96■■■■□ 3.19
CCDC9Q9Y3X0 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
CCDC9Q9Y3X0 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.94■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC34.93■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC34.92■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC34.92■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC34.92■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC34.92■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC34.91■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC34.9■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
CCDC9Q9Y3X0 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC34.88■■■■□ 3.17
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC34.88■■■■□ 3.17
CCDC9Q9Y3X0 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
CCDC9Q9Y3X0 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.87■■■■□ 3.17
CCDC9Q9Y3X0 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
CCDC9Q9Y3X0 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC34.85■■■■□ 3.17
CCDC9Q9Y3X0 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
CCDC9Q9Y3X0 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
CCDC9Q9Y3X0 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC34.83■■■■□ 3.17
CCDC9Q9Y3X0 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC34.82■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC34.81■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC34.8■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC34.79■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.78■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8 ms