Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.36
USP28Q96RU2 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.76■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.74■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
USP28Q96RU2 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC29.67■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
USP28Q96RU2 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP28Q96RU2 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
USP28Q96RU2 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
USP28Q96RU2 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC29.45■■■□□ 2.3
USP28Q96RU2 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 102.6 ms