Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VMP1Q96GC9 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VMP1Q96GC9 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VMP1Q96GC9 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VMP1Q96GC9 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VMP1Q96GC9 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms