Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC30.91■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.91■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC30.9■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC30.9■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.89■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
CHMP4CQ96CF2 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
CHMP4CQ96CF2 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
CHMP4CQ96CF2 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
CHMP4CQ96CF2 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
CHMP4CQ96CF2 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CHMP4CQ96CF2 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.83■■■□□ 2.53
CHMP4CQ96CF2 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC30.77■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.52
CHMP4CQ96CF2 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC30.74■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.73■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC30.73■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
CHMP4CQ96CF2 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP4CQ96CF2 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CHMP4CQ96CF2 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CHMP4CQ96CF2 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CHMP4CQ96CF2 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CHMP4CQ96CF2 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
CHMP4CQ96CF2 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC30.58■■■□□ 2.49
CHMP4CQ96CF2 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
CHMP4CQ96CF2 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC30.56■■■□□ 2.48
CHMP4CQ96CF2 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CHMP4CQ96CF2 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC30.54■■■□□ 2.48
CHMP4CQ96CF2 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CHMP4CQ96CF2 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CHMP4CQ96CF2 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CHMP4CQ96CF2 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
CHMP4CQ96CF2 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.48
CHMP4CQ96CF2 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
CHMP4CQ96CF2 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.51■■■□□ 2.47
CHMP4CQ96CF2 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CHMP4CQ96CF2 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CHMP4CQ96CF2 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CHMP4CQ96CF2 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC30.5■■■□□ 2.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms