Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SHHQ15465 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SHHQ15465 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SHHQ15465 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SHHQ15465 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SHHQ15465 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SHHQ15465 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SHHQ15465 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SHHQ15465 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
SHHQ15465 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SHHQ15465 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SHHQ15465 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHHQ15465 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHHQ15465 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHHQ15465 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHHQ15465 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHHQ15465 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SHHQ15465 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SHHQ15465 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SHHQ15465 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SHHQ15465 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SHHQ15465 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SHHQ15465 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SHHQ15465 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SHHQ15465 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SHHQ15465 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SHHQ15465 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SHHQ15465 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHHQ15465 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
SHHQ15465 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHHQ15465 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHHQ15465 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHHQ15465 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SHHQ15465 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SHHQ15465 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SHHQ15465 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
SHHQ15465 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SHHQ15465 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SHHQ15465 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
SHHQ15465 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SHHQ15465 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SHHQ15465 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
SHHQ15465 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SHHQ15465 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
SHHQ15465 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHHQ15465 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHHQ15465 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHHQ15465 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHHQ15465 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHHQ15465 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHHQ15465 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHHQ15465 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHHQ15465 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
SHHQ15465 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
SHHQ15465 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHHQ15465 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHHQ15465 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHHQ15465 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHHQ15465 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHHQ15465 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHHQ15465 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHHQ15465 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHHQ15465 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHHQ15465 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHHQ15465 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHHQ15465 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHHQ15465 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHHQ15465 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHHQ15465 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHHQ15465 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHHQ15465 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SHHQ15465 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
SHHQ15465 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHHQ15465 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
SHHQ15465 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHHQ15465 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHHQ15465 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHHQ15465 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHHQ15465 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHHQ15465 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHHQ15465 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHHQ15465 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHHQ15465 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHHQ15465 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHHQ15465 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHHQ15465 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHHQ15465 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHHQ15465 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHHQ15465 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHHQ15465 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHHQ15465 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHHQ15465 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHHQ15465 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
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