Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

Predictions only

Length 462 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SHHQ15465 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SHHQ15465 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SHHQ15465 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SHHQ15465 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SHHQ15465 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
SHHQ15465 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SHHQ15465 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
SHHQ15465 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
SHHQ15465 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SHHQ15465 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SHHQ15465 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHHQ15465 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHHQ15465 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHHQ15465 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHHQ15465 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHHQ15465 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SHHQ15465 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SHHQ15465 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SHHQ15465 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SHHQ15465 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SHHQ15465 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SHHQ15465 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SHHQ15465 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SHHQ15465 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SHHQ15465 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SHHQ15465 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SHHQ15465 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHHQ15465 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
SHHQ15465 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHHQ15465 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHHQ15465 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHHQ15465 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SHHQ15465 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SHHQ15465 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SHHQ15465 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
SHHQ15465 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SHHQ15465 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SHHQ15465 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
SHHQ15465 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SHHQ15465 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SHHQ15465 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
SHHQ15465 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SHHQ15465 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
SHHQ15465 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHHQ15465 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHHQ15465 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHHQ15465 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHHQ15465 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHHQ15465 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHHQ15465 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHHQ15465 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHHQ15465 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
SHHQ15465 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
SHHQ15465 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHHQ15465 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHHQ15465 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHHQ15465 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHHQ15465 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHHQ15465 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHHQ15465 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHHQ15465 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHHQ15465 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHHQ15465 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHHQ15465 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHHQ15465 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHHQ15465 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHHQ15465 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHHQ15465 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHHQ15465 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHHQ15465 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SHHQ15465 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
SHHQ15465 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHHQ15465 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
SHHQ15465 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHHQ15465 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHHQ15465 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHHQ15465 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHHQ15465 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHHQ15465 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHHQ15465 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHHQ15465 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHHQ15465 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHHQ15465 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHHQ15465 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHHQ15465 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHHQ15465 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHHQ15465 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHHQ15465 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHHQ15465 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHHQ15465 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHHQ15465 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHHQ15465 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHHQ15465 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms