Protein–RNA interactions for Protein: Q13501

SQSTM1, Sequestosome-1, humanhuman

Predictions only

Length 440 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SQSTM1Q13501 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SQSTM1Q13501 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
SQSTM1Q13501 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SQSTM1Q13501 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SQSTM1Q13501 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SQSTM1Q13501 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SQSTM1Q13501 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SQSTM1Q13501 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SQSTM1Q13501 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SQSTM1Q13501 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SQSTM1Q13501 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SQSTM1Q13501 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SQSTM1Q13501 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SQSTM1Q13501 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SQSTM1Q13501 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SQSTM1Q13501 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SQSTM1Q13501 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.8 ms