Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.83■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.83■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC39.82■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.82■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC39.79■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC39.76■■■■□ 3.96
TCOF1Q13428 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.75■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC39.74■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.72■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.72■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC39.72■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC39.71■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC39.71■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC39.71■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.7■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC39.7■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC39.7■■■■□ 3.95
TCOF1Q13428 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC39.69■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.69■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.67■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.67■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.66■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC39.66■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC39.65■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.65■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC39.65■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC39.64■■■■□ 3.94
TCOF1Q13428 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.63■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.63■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.63■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.62■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC39.61■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC39.61■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.61■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.61■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC39.6■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.58■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC39.57■■■■□ 3.93
TCOF1Q13428 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.56■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.55■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC39.55■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.53■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC39.52■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC39.52■■■■□ 3.92
TCOF1Q13428 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC39.5■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC39.49■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.49■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC39.49■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC39.47■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.47■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC39.47■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC39.46■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC39.46■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.45■■■■□ 3.91
TCOF1Q13428 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC39.44■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC39.44■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC39.44■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC39.43■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC39.43■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC39.43■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC39.42■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.41■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.4■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.39■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.39■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC39.38■■■■□ 3.9
TCOF1Q13428 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.38■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.35■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC39.35■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC39.35■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC39.34■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC39.34■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC39.34■■■■□ 3.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms