Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC32.9■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC32.9■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC32.89■■■□□ 2.86
TRIM28Q13263 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC32.88■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC32.88■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.86■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC32.84■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.83■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.83■■■□□ 2.85
TRIM28Q13263 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC32.78■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC32.78■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC32.77■■■□□ 2.84
TRIM28Q13263 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC32.76■■■□□ 2.83
TRIM28Q13263 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
TRIM28Q13263 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.73■■■□□ 2.83
TRIM28Q13263 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC32.73■■■□□ 2.83
TRIM28Q13263 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
TRIM28Q13263 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
TRIM28Q13263 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
TRIM28Q13263 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
TRIM28Q13263 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC32.7■■■□□ 2.83
TRIM28Q13263 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.68■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC32.68■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC32.67■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC32.66■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
TRIM28Q13263 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC32.6■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC32.6■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.59■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC32.58■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC32.58■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.81
TRIM28Q13263 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC32.57■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC32.55■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC32.55■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC32.55■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC32.54■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC32.54■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC32.52■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
TRIM28Q13263 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
TRIM28Q13263 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
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