Protein–RNA interactions for Protein: P62857

RPS28, 40S ribosomal protein S28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 69 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPS28P62857 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPS28P62857 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPS28P62857 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPS28P62857 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPS28P62857 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPS28P62857 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPS28P62857 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPS28P62857 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPS28P62857 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPS28P62857 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RPS28P62857 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPS28P62857 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPS28P62857 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPS28P62857 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPS28P62857 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPS28P62857 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPS28P62857 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPS28P62857 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPS28P62857 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPS28P62857 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPS28P62857 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPS28P62857 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPS28P62857 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
RPS28P62857 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
RPS28P62857 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPS28P62857 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPS28P62857 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPS28P62857 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPS28P62857 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPS28P62857 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPS28P62857 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPS28P62857 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPS28P62857 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPS28P62857 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPS28P62857 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPS28P62857 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPS28P62857 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPS28P62857 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPS28P62857 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPS28P62857 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPS28P62857 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPS28P62857 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPS28P62857 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPS28P62857 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
RPS28P62857 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPS28P62857 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPS28P62857 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPS28P62857 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPS28P62857 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPS28P62857 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPS28P62857 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
RPS28P62857 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPS28P62857 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
RPS28P62857 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPS28P62857 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPS28P62857 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPS28P62857 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPS28P62857 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPS28P62857 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPS28P62857 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPS28P62857 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
RPS28P62857 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPS28P62857 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPS28P62857 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
RPS28P62857 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPS28P62857 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPS28P62857 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPS28P62857 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPS28P62857 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPS28P62857 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPS28P62857 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPS28P62857 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
RPS28P62857 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPS28P62857 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPS28P62857 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
RPS28P62857 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
RPS28P62857 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
RPS28P62857 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
RPS28P62857 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
RPS28P62857 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
RPS28P62857 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
RPS28P62857 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
RPS28P62857 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
RPS28P62857 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPS28P62857 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPS28P62857 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPS28P62857 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPS28P62857 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPS28P62857 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
RPS28P62857 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPS28P62857 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPS28P62857 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPS28P62857 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPS28P62857 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPS28P62857 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
RPS28P62857 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
RPS28P62857 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
RPS28P62857 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPS28P62857 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
RPS28P62857 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms