Protein–RNA interactions for Protein: P48066

SLC6A11, Sodium- and chloride-dependent GABA transporter 3, humanhuman

Predictions only

Length 632 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC6A11P48066 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
SLC6A11P48066 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SLC6A11P48066 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SLC6A11P48066 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SLC6A11P48066 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SLC6A11P48066 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SLC6A11P48066 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms