Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
PCIF1Q9H4Z3 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms