Protein–RNA interactions for Protein: Q8NCR9

CLRN3, Clarin-3, humanhuman

Predictions only

Length 226 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLRN3Q8NCR9 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ADCY6-202ENST00000357869 5748 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 TRABD-202ENST00000380909 2272 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 CLK1-205ENST00000434813 2026 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
CLRN3Q8NCR9 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms