Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS53Q5VIR6 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 TP53RK-201ENST00000372102 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS53Q5VIR6 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.6 ms