Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
MSX1P28360 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
MSX1P28360 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
MSX1P28360 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
MSX1P28360 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
MSX1P28360 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
MSX1P28360 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
MSX1P28360 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
MSX1P28360 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
MSX1P28360 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms