Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A1P12109 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A1P12109 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms