Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMCH1Q9UPQ0 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 CSNK1D-203ENST00000392334 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMCH1Q9UPQ0 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms