Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC30.35■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC30.35■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
TCOF1Q13428 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC30.32■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
TCOF1Q13428 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
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