Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.59■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.73
CCDC3Q9BQI4 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.58■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC19.56■□□□□ 0.72
CCDC3Q9BQI4 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms