Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHD9Q3L8U1 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CHD9Q3L8U1 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
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