Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A1P12109 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A1P12109 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms