Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 AC008649.1-201ENST00000589557 516 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC9Q9Y3X0 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC9Q9Y3X0 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms