Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC39Q9UFE4 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC39Q9UFE4 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms