Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

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Length 705 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 CCDC151-201ENST00000356392 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CLIP4Q8N3C7 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CLIP4Q8N3C7 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
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